这些疾病都与肠道微生物相关

1．二型糖尿病（Type 2 diabetes, T2D）——有病没病，肠道知道
二型糖尿病（Type 2 diabetes, T2D）是一种由遗传和环境因素共同引起的复杂内分泌疾病。其病因和发病机制较复杂，目前认为属多基因、多因素的异质性疾病。二型糖尿病宏基因组关联分析是世界范围内第一个对肠道微生物进行宏基因组关联分析的成功典范。
MWAS研究发现，健康人群和T2D患者在肠道菌群结构和功能上有较大的差异。健康人肠道菌群中富含促进有益代谢产物（如SCFAs或维生素）生成的菌群。SCFAs经肠道上皮细胞吸收，与受体结合诱导Treg的分化，进而抑制炎症反应，促进组织损伤修复，有利于维持肠道的完整性和能量平衡。SCFA也可以促进胰高血糖素样肽1（glucagon-like peptide 1, GLP1）和肽YY（peptide YY）的分泌，从而调节血糖平衡并控制食物摄取。T2D患者中这些菌细菌群和功能的丰富程度明显少于正常人。
T2D患者肠道菌群的改变与代谢紊乱和炎症相关，如H2S和LPS生成的增加会刺激炎症反应。此外，经二甲双胍治疗的T2D患者肠道菌群结构得到改善，Intestinibacterspp.物种丰度下降， Enterobacteriaceae spp.（如E. coli）物种丰度增加，E. coli丰度的增加可能跟GLP1分泌增加有关。

2. 结直肠癌（Colorectal cancer, CRC）——红肉是肠道杀手
结直肠癌是常见恶性肿瘤，通常由结直肠腺瘤缓慢发展而成。具有高度破坏性和侵袭性，在中老年中有较高发病率。肠道微生物被认为与结直肠癌的发生有关。
正常情况下，人肠道菌群处于一个相对平衡的状态，产肠毒素的有害菌群丰度较低。一旦生活方式或饮食习惯发生改变（如红肉摄入量增加或水果、蔬菜及纤维摄入量减少），有害菌群的丰度或毒素产量就会发生变化，造成肠道菌群紊乱，肠道屏障功能受损，最终导致癌变概率增加。
MWAS研究发现一些厌氧口腔菌与结直肠癌相关联，如Fusobacteriumspp. 和 Parvimonasmicra。与结直肠癌相关的功能改变包括：氨基酸发酵或胆汁酸代谢产生致癌物质，产短链脂肪酸功能下降。

3. 类风湿性关节炎（Rheumatoid arthritis, RA）——“荣辱与共”的人体微生物
类风湿性关节炎是一个主要影响关节的长期持续性疾病。其成因不明，但和基因与环境因素有关。人体微生物可能与宿主基因和环境因子相互作用，增加RA患病风险。
MWAS分析发现，人体口腔菌群和肠道菌群具有相关性。RA患者口腔和肠道菌群中一些共有的微生物物种会同时增加，如Lactobacillus salivarius。此外口腔和肠道样本检测到的RA患者菌群变化具有相关性：如肠道中的Klebsiella pneumoniae丰度和口腔菌群中的Lactococcusspp.丰度是正相关的；而肠道中的Clostridium asparagiforme与口腔中的 Prevotella intermedia丰度负相关。