儿童自闭症(autism)也称孤独症，是婴幼儿时期的一种严重的广泛性发育障碍疾病。

孤独症是一类多因素导致的综合征，基因等遗传因素的病因已经得到证实，同时，也有人提出各种可能的因素，如病毒感染、免疫异常、营养缺乏、重金属代谢异常(特别是汞异常积累)、出生时父母年龄、父母疾病等。

现在，越来越多的研究指出，肠道微生物与孤独症的关系。美国芝加哥拉什医学院胃肠病营养与研究中心的一项研究表明，儿童自闭症、老人痴呆等与肠道菌群有重要关系。研究发现，当人体肠道菌群里的一种芽孢杆菌数量占优势时，会分泌神经毒素，造成腹泻或对神经的侵害，儿童自闭症与此有直接关系。美国学者博尔特(Bolte)认为，孤独症可能是由于长期亚急性破伤风梭菌(C.tetani)(致病性梭状芽孢杆菌的一种)感染所致，胃肠道感染这种病菌后，释放的神经毒素通过迷走神经传入中枢神经系统，水解突触囊泡的小突触泡蛋白，抑制了神经递质的释放，从而引起了孤独症的各种行为表现，而抗肠道梭菌的治疗可减轻孤独症的症状。

最新的一项研究也发现，一种肠道微生物的代谢产物——丙酸，可引起大鼠患孤独症。这些发现都提示了孤独症患者的肠道菌群发生了改变，特别是梭状芽孢杆菌类。因此，通过益生菌促进肠道菌群的平衡，抑制梭状芽孢杆菌的生长，减少有害菌产生的有毒物质，将是治疗孤独症的有效替代手段之一。